Natural de la localidad de Durango, nació con los genes para la porteria, ya que era hijo de Carmelo guardameta del Athletic de Bilbao, antecesor del gran Iribar. Portero de la escuela Vizcaina, con una gran envergadura y un gran manejo del juego por alto, no exento de reflejos y colocación.
Los ojeadores del Athletic no tardarían mucho en fijarse en el espigado portero de la Cultural de Durango, hijo de Carmelo, y tras pasar por todos los equipos de las categorias inferiores del Athletic en Lezama, debuta con el primer equipo en Diciembre de 1980, frente al Real Betis Balompie, disputanto la totalidad de partidos que restaban de esa temporada.
Dicen que no se es profeta en su tierra y con Andoni paso lo mismo, las dos siguientes campañas las pasa en blanco, a la sombra de otro fenomeno de la porteria como era Zubizarreta, y decide emigrar al Cadiz C.F en la temporada 83-84 disputando los últimos 15 partidos de la temporada.
La Gloria en Zaragoza.
Su paso por tierras caditanas hizo que el Real Zaragoza lo fichase para la siguiente temporada. Cedrún se convirtió por meritos propios en un estandarte en del cuadro maño. Alli permaneció 11 temporadas (desde la 84-85 hasta la 95-96) jugándolo casi todo. Campeón de la copa del Rey en la temporada 85-86 y 93-94. Y Campeón de la extinta Recopa de Europa ante el Arsenal con aquel extratosférico gol de Nayim, es ese sensacional Zaragoza del jovencísimo Victor Fernández.
En la temporada 96-97 después de su exitoso paso por el Real Zaragoza recala en el C.D Logroñes donde juega 14 partidos. Esa temporada el Logroñes desciende a segunda y Cedrún decide retirarse del fútbol.
Su época coincide con Arconada, Zubizarreta, Ablanedo, Buyo, entre otros grandes porteros nacionales, por lo que las puertas de la selección estuvieron cerradas para este gran guardameta vasco.
Actualmente el bueno de Andoni Cedrún es colaborador del programa Tiempo de Juego de la Cadena Cope.